Dilihatdari pola zonasi lamun secara horizontal, ekosistem lamun terletak diantara dua ekosistem penting yaitu ekosistem mangrove dan ekosistem terumbu karang. Ekosistem lamun sangat berhubungan erat dan berinteraksi serta sebagai mata rantai (link) dan sebagai penyangga (buffer) dengan mangrove di pantai dan terumbu karang ke arah laut.
Hampir71% terumbu karang di indonesia mengalami kerusakan yang cukup berat, yang relatif baik 22,5%, sedangkan kondisi baik hanya sekitar 6,5% (Suprihayono, 2000). Dalam pengelolaan terumbu karang ini, tidak dapat dilihat dari satu kepentingan saja, tetapi harus mempertimbangkan terutama kepentingan dari penduduk atau masyarakat dimana
1 Raja Ampat, Papua Barat. Pemandangan terumbu karang di Raja Ampat. (zubludiving.com) Menurut data yang ada, luas terumbu karang di Raja Ampat diperkirakan mencapai lebih dari 45 ribu hektare atau sekitar 0,2 persen dari total luas wilayah laut Indonesia.
Namun di kabupaten tersebut target konservasi tak hanya fokus pada habitat penyu saja, namun juga untuk perlindungan terumbu karang. "Luas ekosistem terumbu karang di kawasan konservasi daerah Pasaman mencapai 79,74 hektare, sehingga perlu dijaga keberlanjutannya agar dapat memberi manfaat bagi kegiatan perikanan dan pariwisata," terang dia..